Numpy: NaNをリニアインターポレーションして置き換える

def interp_nan(x):
    '''
    Replace nan by interporation
    http://stackoverflow.com/questions/6518811/interpolate-nan-values-in-a-numpy-array
    '''
    ok = -np.isnan(x)
    xp = ok.nonzero()[0]
    fp = x[ok]
    _x = np.isnan(x).nonzero()[0]
    x[-ok] = np.interp(_x, xp, fp)
    
    return x

Site-packagesに入れていつでもインポートできるようにしておくと便利なスニペット。もともとはStackoverflowで見つけたものほぼそのまま。ravelが何で入れてあるのかコメントで突っ込まれていて、確かになくとも動くのでとっておいた。

いつもと違うPCなんかでコーディングするときのための覚書。Pygmentsにもあげておいた。

使用例

>>> toy = np.array([np.nan, 1, np.nan, 3, np.nan, 9, np.nan, 2, np.nan])
>>> interp_nan(toy)
0: array([ 1. ,  1. ,  2. ,  3. ,  6. ,  9. ,  5.5,  2. ,  2. ])